UBND TP Cần Thơ đã phê duyệt đồ án quy hoạch phân khu tỷ lệ 1/5000 quận Thốt Nốt, đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050 với 2 vùng chức năng và 6 phân khu.
Theo quy hoạch được duyệt, quận Thốt Nốt có tổng diện tích khoảng 12.163,89ha, dân số đến năm 2030 là 150.000 - 160.000 người; dân số đến năm 2050 là 320.000 người.
Quận Thốt Nốt được quy hoạch thành khu đô thị trung tâm công nghiệp chế biến nông sản, thủy sản và công nghiệp phụ trợ; trung tâm kho vận cấp vùng; trung tâm thương mại - dịch vụ của thành phố và cấp vùng; phát triển du lịch sinh thái cảnh quan trên sông Hậu và các khu ở sinh thái gắn với nông nghiệp đô thị.
Thốt Nốt còn là đầu mối giao thông gắn với các trục giao thông về đường bộ và đường thủy, bao gồm tuyến Lộ Tẻ - Rạch Sỏi qua cầu Vàm Cống, Quốc lộ 91 và Quốc lộ 80, tuyến sông Hậu và kênh Cái Sắn; định hướng phát triển khu cảng biển, khu công nghiệp đa ngành, gắn với Quốc lộ 80 và tuyến Lộ Tẻ - Rạch Sỏi, kết nối với thành phố Long Xuyên, các khu, cụm công nghiệp lân cận của tỉnh An Giang, Đồng Tháp nhằm tạo thành vùng công nghiệp tập trung lớn của vùng Đồng bằng sông Cửu Long.
Toàn quận Thốt Nốt được phân làm 02 vùng chức năng (vùng phát triển đô thị - công nghiệp và vùng phát triển nông nghiệp đô thị - du lịch sinh thái), với 06 phân khu quy hoạch (được giới hạn bởi các tuyến đường trục chính đô thị) để kiểm soát phát triển.